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Scaffold Hopper · 骨架跃迁

FTrees 模糊药效团搜索

搜索查询分子的”远距离邻居”，发现非显而易见的相似性。该方法基于分子拓扑结构与药效团特征进行模糊匹配，可快速发现“新骨架”分子，用于骨架跃迁，助力用户发现全新 IP。

图中两分子核心骨架看似不同，但相似度却高达 0.942

FTrees 成功实现了富集，找到了全新 IP

应用场景

破除专利限制，发现新颖 IP

传统指纹筛选的补充手段，挖掘被遗漏的相关分子

清晰展现相似性对齐结果，展示分子间的局部相似区域

1.1 开始一个新项目

1.2 请选择合适的模式来完成您的项目目标

示例选择 骨架跃迁（Scaffold Hopper）

1.3 选择您想要进行搜索的化学空间

示例选择 GalaXi

1.4 使用「加载分子」选项，从本地打开您的分子文件

或直接将分子的SMILES代码粘贴至查询框

示例使用SMILES代码

显示塞来昔布Celecoxib的分子结构

Cc1ccc(cc1)c2nnc(nc2C(F)(F)F)c3ccc(cc3)S(=O)(=O)N

1.5 您可以滑动调整搜索参数，它们分别是

结果数量、目标相似度、最小相似度以及分子多样性

若想对分子某部分特征的最低相似度进行调整

可点击您想调整的部分，并滑动调整参数

点击按钮，开始搜索

请耐心等待加载……

1.6 加载完毕后，您可以看到对搜索结果

命中的分子将显示在结果列表中

点击任意条目，在左下方窗口中可以对比匹配图像和局部相似度

（拖动边框可调整窗口大小）

命中的分子会根据它们的FTrees相似度排序

这些分子具有相似的药效团，但在结构上可能差异很大

或者您也可以点击任意列表表头，对结果进行排序

1.7 勾选对应化合物的复选框

或点击顶部的复选框来选择分子

点击保存图标，保存结果

在这里可以浏览当前项目中所有的查询记录

在退出之前您可以保存当前项目，以便后续工作开展

1.8 为保护您的知识产权（IP），您原始查询的分子结构可以设置成隐私

从而在和供应商询价时，最大程度保护你的项目机密

如需屏蔽，请将选项切换至开启状态

2.1 将选中的分子添加至Analyzer模式

2.2 点击 Select a property 在菜单中添加筛选条件

您可以在组合筛选器、SMARTS模式筛选和表格属性筛选中选择一种筛选模式

示例选择 Drug-likeness（R05）

「氢键供体数≤5；氢键受体数≤10；分子量≤500；LogP≤5」

点击左上角图标完成筛选

2.3 选择一种可视化方式

点击「直方图」，即可将分子数据以直方图形式展示

下拉下方菜单，您可以查看不同性质的理化分布

同时也可以在左侧调整分组区间数量

「Molecules by Reagent 」模式可以为您展示用于生成结果的构建模块

及其在结果中的出现百分比

您也可以按骨架进行结构的聚类分析「Molecules by Scaffold」

更多功能等待您的探索……

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