什么是化学空间 (Chemical Space)?
理解 infiniSee 的前提：从枚举库到组合化学空间的范式跃迁
传统枚举库
- 每个化合物逐一列出，文件达 TB-PB 级
- 规模上限约 106–1010
- 筛选耗时数小时至数周
- 不保证可合成性
组合化学空间
- 仅存储砌块 + 反应规则，文件仅 MB-GB 级
- 规模达 109–1014，超传统库千倍
- 搜索仅需秒到分钟
- 化学规则保证所有结果可合成
化学空间中不存在完整的化合物列表 — 化合物在搜索过程中按需生成（on-the-fly），只有最匹配的候选物才被枚举出来。
三重搜索引擎
每种模式针对不同的药物发现场景，互为补充
Scaffold Hopper · 骨架跃迁
FTrees 模糊药效团搜索
搜索查询分子的"远距离邻居"，发现非显而易见的相似性。FTrees 基于分子拓扑和药效团特征进行模糊匹配 — 即使分子指纹相似度仅 0.3，药效团相似度也可能高达 0.99。
- 应用场景 — 骨架跃迁、发现新颖 IP、功能基团替换
- 作为指纹筛选的正交方法，发现其他方法遗漏的相关分子
- 新空间文件格式搜索速度提升最高 7 倍
Analog Hunter · 类似物猎手
SpaceLight 分子指纹相似性搜索
基于 ECFP4 分子指纹，在化学空间中检索与查询分子最近的邻居。返回的化合物包含较小的结构修饰，是 SAR 分析的理想候选。
- 应用场景 — 构效关系分析、近似化学空间探索
- 命令行版本支持 CSFP（连接子结构指纹）及其变体
- 不同指纹类型关注不同维度：最近邻 / 功能基团 / 功能排布
Motif Matcher · 子结构匹配
SpaceMACS 子结构搜索引擎
在超大化学空间中精确查找包含特定基序的化合物。支持精确子结构搜索和最大公共子结构 (MCS) 搜索，将 FBDD 和子结构驱动的药物设计推向新高度。
- 应用场景 — 片段生长、FBDD、子结构驱动的先导物优化
- R 基团搜索 — 精确定义片段的延伸方向和位置
- 命令行版本支持 SMARTS 定义，精确控制化学模式
可用化学空间
与全球主要化合物供应商合作，结果可直接采购
Freedom Space
1,400 亿 化合物
Chemspace · 按需合成
AMBrosia
1,300 亿 化合物
Ambinter · 按需合成
REAL Space
760 亿 化合物
Enamine · 按需合成
CHEMriya
550 亿 化合物
OTAVA · 按需合成
GalaXi
120 亿 化合物
WuXi AppTec · 按需合成
eXplore
5 万亿 化合物
eMolecules · DIY 合成
infiniSee xREAL — 独家接入 Enamine 完整目录
xREAL Space 包含 2.4 万亿化合物，是 Enamine 最完整的按需合成目录，仅通过 infiniSee xREAL 独家提供。
Analyzer 分析模式
搜索之后的精细化筛选与数据洞察
分子聚类
基于 Bemis-Murcko 骨架、供应商、试剂等维度对结果进行聚类，高效选择化学多样性候选物。
交互式直方图
按理化性质（分子量、LogP、氢键数等）切分结果集，交互式探索每个分段。
精细化筛选
对 infiniSee 结果或任意化合物集合进行基于参数的深度筛选，聚焦最有价值的候选物。
CoLibri — 构建您自己的化学空间
CoLibri 是独立的命令行工具，使用您的内部砌块和反应规则创建专属的组合化学空间。将企业的合成能力和 IP 转化为万亿级的可筛选化合物库。
- 输入：砌块分子 + 化学反应规则
- 输出：组合化学空间文件 (.space)
- 生成的空间可直接用 infiniSee 的所有搜索模式探索
- 将企业内部砌块资产转化为竞争优势
GUI + 命令行双版本
infiniSee 的所有搜索算法同时提供 GUI 和命令行版本
GUI 模式（infiniSee 界面内）
命令行工具（可集成到自动化流程）
为什么需要化学空间？
规模优势
组合化学空间比传统枚举库大千倍以上。更大的搜索空间意味着找到理想候选物的概率显著提升。
硬件友好
无需超级计算机或服务器集群，普通硬件即可完成搜索。新空间文件格式内存占用降低最高 73%。
结果可合成
化学规则保证所有结果均可合成。合作伙伴化学空间的命中分子可在数周内交付。
化学多样性
多种化学空间覆盖不同化学领域和供应商，多重搜索模式确保从不同角度发现有价值的候选物。