本文以 ROCK1（PDB ID：5KKT）为例，在可合成化学空间中，基于化学空间对接（chemical space docking，简称 CSD）完成 Enamine数十亿 REAL Space 的筛选。
1. 确保本地电脑已安装 SeeSAR。若未安装，请前往官网下载：
https://www.biosolveit.de/SeeSAR
2. 确保服务器已部署并正常运行 HPSee。若未部署，请参考教程：
3. 在 HPSee Dashboard 上传筛选所用化学空间的 space 文件。
加载蛋白并分析结合模式
打开SeeSAR，导入蛋白文件，选择对应的配体分子，定义结合位点。
点击配体，放大结合部位（或直接按键盘上的空格键，自动聚焦配体）。
分析结合模式，可以看到，配体和 ROCK1 的铰链区形成了两个关键氢键：
N-H作为氢键供体，与GLU154主链羰基形成氢键
N作为氢键受体，与MET156的主链 N–H 形成氢键
这两个氢键共同稳定了配体的结合构象，可作为后续虚拟筛选的药效团。
进入化学空间对接模式
右键配体，点击【Use as Reference in】切换到 Space Docking Mode 。
点击右上角的设置，选择【Remote】，输入 HPSee 的 IP 、端口及账户密码，点击【Test】，确保连接成功后点击【Apply】。
点击左上角的【Space】图标，选择本次筛选所用的化学空间，接着点击绿色电源按钮，开启化学空间对接。
CSD 前处理——设置药效团
点击【ph4】图标，在配体的 N-H 上设置氢键供体药效团。
同理，在 N 位置设置氢键受体药效团。
将两项约束均设置为 optional，并将最少匹配数设为 1，即候选结构只需满足其中至少一项药效团约束。
接着将配体模板删除。
CSD 第一步：锚定初始片段
点击开始按钮（S），启动化学空间对接的第一步的片段锚定（Anchoring）计算。
Tip: 由于计算需要一定时间，可以先保存 SeeSAR 工程文件。计算过程中，关闭工程文件，服务器计算不受影响。
等待服务器完成片段锚定，点击【View Results】从服务器载入生成的初始片段。
点击左上角文件图标，保存并备份 SeeSAR 工程文件，以免后续操作失误导致片段丢失。
CSD 第二步：片段生长
点击【Estimated Affinity】，可按照预测亲和力对片段进行排序。
用户可以设置合适的条件进行片段的过滤，也可以直接基于亲和力进行目视筛选。
综合考察片段的预测亲和力、结合构象、分子柔性及空间冲突等因素，勾选合适的片段，进入下一步片段扩展[Extension 1]。
SeeSAR会自动基于合适的化学反应进行片段的拓展，从而确保最终分子的可合成性。
CSD 第三步：片段第二次扩展
选择需要进一步拓展的片段，进行第二次扩展[Extension 2]。
若此步片段数为0，表示当前片段均已形成完整分子，不需要进行第二次扩展，可将菜单切换到【Results】，即可查看所有结果。
完成展后，可切换到【Results】，进行分子的过滤筛选。
也可以全选当前页面所有分子，将其导入分析模式中，在该模式下进行过滤和筛选。
到这里，本次 Chemical Space Docking® 化学空间筛选就完成啦~~~。
如需进一步评估筛选所得候选分子的结合稳定性与实际亲和力，欢迎联系 Molyx。
我们可提供分子动力学模拟、蛋白质表达纯化、化合物合成、SPR/ITC分子互作实验及晶体结构解析等相关服务。
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