在计算机辅助药物设计领域，基于配体的药物设计（ LBDD ）是早期苗头化合物挖掘的高效路线。即无需获取靶点蛋白晶体结构，仅依托已知活性先导物的三维药效团特征，就能批量筛选结构类似的候选分子。BioSolveIT 旗下 SeeSAR 软件的 Similarity Scanner 就是该场景下的标杆工具。
SeeSAR 是由德国 BioSolveIT 开发的计算机辅助药物设计（CADD）软件，全球客户涵盖礼来、辉瑞、葛兰素史克、拜耳、罗氏、默克等众多国际知名制药企业。
武汉潇雨科技（Molyx）作为 BioSolveIT 在中国的授权合作伙伴，可为国内用户提供软件推广、技术支持及专业培训服务。
1.使用 Similarity Scanner 进行 3D 相似度叠合
该模块核心逻辑：提取模板分子氢键供体、氢键受体、疏水基团等药效特征，自动生成候选分子低能构象，通过三维叠合计算相似度评分，快速筛选具备潜在活性的衍生物。
教程中使用 SMILES 为
O=C(c1ccc2)N([C@H](CC3)C3(F)F)C(C(F)(F)F)=Nc1c2Br reference_mol
O=C(c(ccc(Cl)c1)c1N1)N([C@H](C2)C[C@]2(CBr)F)C1=S mol1
O=C(/C=C(/C(F)(F)F)\c(cc1)ccc1Cl)O[C@@H](CC1)C1(F)F mol2
C[C@H]([C@@](C1CC1)(C(F)(F)F)Oc(c1ccc2)c2Cl)C1=O mol3
软件会自动为每一个候选分子采样、生成若干低能构象，并和参考模板做三维对齐，同步计算分子量 MW、脂水分配系数 LogP 和拓扑极性表面积 TPSA 等关键参数。
相似度星级评分：星级越高，代表该构象和模板分子药效团空间排布重合度越高。
2.导入分析模式
点击图中漏斗图标，可使用筛选功能。
点击界面的【 Switch to grid 】按钮，即可从单列列表视图切换为网格视图。
网格视图可同时展示多个分子的结构缩略图，能够直观比对不同构象和模板分子的叠合效果；筛选完毕后可切回列表视图，查看精准的数值参数。
Analyzer 支持批量筛选、导出数据表，可用于对比不同候选分子的成药性，筛选综合性能优异的化合物，支撑后续构效关系分析。
相较于依赖蛋白结构的分子对接，Similarity Scanner 大幅降低了早期药物筛选的门槛，当靶点尚无解析晶体结构时，研究者仅凭借少数已验证活性的小分子，就可以快速筛选化合物，是先导化合物优化阶段非常实用的工具。
