Chemical Space Docking®

解锁分子宇宙 — 用普通硬件筛选万亿化合物

BioSolveIT 的注册商标技术。在 SeeSAR 的可视化界面中,对万亿级组合化学空间进行基于结构的虚拟筛选,所需算力仅为传统暴力对接的一小部分。

Chemical Space Docking — 结合口袋中的配体
万亿级可筛选化合物规模
无需 GPU普通 CPU 服务器即可运行
39-43%已发表案例命中率
100%结果可合成、可采购

工作原理

不同于暴力枚举,CSD 直接在组合化学空间中智能对接

1

合成子锚定

将含有延伸向量的砌块(合成子)对接到靶标结合位点,筛选出与靶标形成高质量相互作用的最佳候选。

2

第一轮延伸

基于选中的合成子,枚举所有化学可及的化合物并进行对接。低分合成子已被丢弃,大幅节省算力。

3

第二轮延伸

部分化合物在第一轮后即完成;其余进行第二轮延伸生成最终分子。所有结果均为可合成化合物。

核心思路:只枚举有前途的分支,跳过无关组合。评估万亿分子所需算力仅为传统方法的极小部分。

核心优势

不只是虚拟筛选,是下一代增强型先导物发现

数据不出门

在您自己的硬件上运行,无需将数据共享给第三方云服务或外部服务商。完全本地部署,自主可控。

轻量硬件即可

无需昂贵的 GPU 集群或超级计算机。普通 CPU 服务器即可实现高计算效率,大幅降低基础设施成本。

化学多样性

方法天然检索互补不同子口袋的多样化学,为您的管线提供丰富的骨架多样性。

结果全部可合成

化学空间的组合构建方式保证所有命中分子均为可合成化合物,可直接向合作供应商下单采购。

易于使用

从 SeeSAR 的可视化界面中直接操作,每个步骤都清晰直观,专家和新手均可快速上手。

多化学空间支持

支持多个商业化学空间,每个空间有独立的砌块和反应体系,覆盖不同的化学领域。

已发表案例

来自顶级药企和研究机构的实证数据

Genentech — ROCK1 激酶抑制剂

与 Genentech 合作,筛选 ROCK1 激酶的抑制剂。69 个采购化合物中,27 个 (39%) Ki < 10 µM。两个先导物的共晶结构与对接预测高度一致。

Crystals First — PKA 片段优化

从 4 个小分子片段出发筛选 PKA 新型抑制剂。93 个合成化合物中,40 个 (43%) 有活性。最佳片段优化物亲和力提升 13,500 倍,获得 6 个晶体结构。全程仅需 9 周。

技术细节

精雕细琢的每一个环节

无偏对接

CSD 对接真实合成子,在砌块中引入无偏延伸向量("虚拟原子")进行结合模式预测,而非依赖最小产物。

模板支持

使用共晶结构或对接预测作为模板,加速和引导锚定步骤的位姿生成,特别适合 FBDD 场景。

碰撞采样

合成子的虚拟原子在延伸步骤中扫描靶标表面,预先排除会导致位阻冲突的位姿,减少无效计算。

可用化学空间

与全球主要化合物供应商合作,命中分子数周内交付

Freedom SpaceChemspace · 1,400 亿
AMBrosiaAmbinter · 1,300 亿
REAL SpaceEnamine · 760 亿
CHEMriyaOTAVA · 550 亿
GalaXiWuXi AppTec · 120 亿
eXploreeMolecules · 5 万亿

HPSee — 算力扩展

高性能计算工作流管理器

当本地硬件不够用时,通过 HPSee 将 CSD 任务无缝扩展到远程 HPC 集群。一键提交,完成后只下载排名靠前的结果在 SeeSAR 中评估。

  • 化合物库管理 — 集中管理远程化合物集合
  • 团队协作 — 多人共享计算资源和结果
  • 工作流编排 — 标准化虚拟筛选流程
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设置 → 提交 → 计算 → 下载 Top 结果 → 本地评估

体验 Chemical Space Docking

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