蛋白质结构缺失补全【SeeSAR 2026 用户指南】
注：本教程适用于蛋白结构存在缺失时，如何通过 SeeSAR 修补蛋白结构。
背景信息：
但是， 从 PDB 数据库中获取的蛋白结构可能不完整，存在氨基酸缺失、侧链原子缺失等问题。
蛋白结构修复
1. 输入蛋白结构【Load Protein】
首先，打开 SeeSAR 后进入 [Protein Editor] 蛋白编辑模式，导入目标蛋白结构。目标蛋白的导入有两种方式，导入本地 PDB 文件，或输入蛋白编码（PDBID）。
2. 检查蛋白氨基酸序列【Check the sequence】
导入蛋白后，软件会自动检查蛋白质中的缺失氨基酸。
如果原始文件中含有氨基酸序列，SeeSAR 会自动提取该序列，如下图所示。
如果原始文件中不含有氨基酸序列，用户可在 uniprot 等网站查找目标蛋白本身的序列（https://www.uniprot.org/），并在【unresolved】中输入对应的缺失氨基酸。
3. 结构修补并能量最小化
确定结构修补完成后，可以点击【Energy minimization】进行能量最小化处理。
完成能量最小化后，即可得到一个经过初步处理的蛋白受体结构，可用于后续分子对接、相互作用分析或进一步分子动力学模拟准备。
武汉潇雨科技业务部